医院污水（包括生物制品、屠宰废水等）中不同程度地含有多种病毒、病菌、寄生虫卵和一些有毒、有害物质。如不经过消毒，这些病毒、病菌和寄生虫卵在环境中将引起多种疾病的发生和蔓延，严重威胁人类的身体健康。因此，医院污水的消毒是医院污水处理中关键的一步。
《污水综合排放标准》（GB8978-1996）中规定：医院污水消毒处理后，应达到下列标准：
污染物 适用范围 一级标准 二级标准 三级标准
粪大肠菌群数 医院、兽医院及医疗机构含病原体污水 500个/L 1000个/L 5000个/L
传染病、结核病医院污水 100个/L 500个/L 1000个/L
总余氯 医院、兽医院及医疗机构含病原体污水 <0.5mg/L* ＞3mg/L(接触时间不小于1h) ＞2mg/L(接触时间不小于1h)
传染病、结核病医院污水 ＜0.5mg/L* ＞6.5mg/L(接触时间不小于1.5h) ＞5mg/L(接触时间不小于1.5h)
国内医院使用的消毒剂以二氧化氯、液氯、次氯酸钠为主。液氯虽然价格较低，但易泄露、安全性较差，在人群密集的医院不易使用。次氯酸钠发生器虽然无安全隐患，但其设备造价高，关键部件易损坏，体积大，电耗，盐耗都高，实际运行费用远远超过其理论估算值。二氧化氯发生器以化学法制取结构简单，运行可靠，费用低，基本无故障。除对普通菌类有极强的杀灭效果外，还能对耐氯性极强的病毒，芽孢及水路系统中的异养菌都有很好的消毒效果。二、工艺流程（医院污水处理工艺图）三、设计参数 在医院污水的设备选型中要依据以下三个参数：日排水量、提升泵流量、每吨污水消毒剂投加量来确定设备型号。
日排水量按以下参考数计算：大于500张病床以上的医院，平均污水量按1200L/床/d左右。经计算可得出日排水量。消毒剂投加量25克-30克/吨，传染病医院适当加大。 由于设计工艺不同和每家医院所选择处理污水的工作时间长短不一（一般4-8小时/天）。所以提升泵的最大排水量也不同，同样污水量所选工作时间越短，提升泵流量越大加药量也越大。设备选型也相应增大。 在某些地区对外排污水余氯有最高限定值（＜0.5毫升/L），污水在消毒后排放前要进行脱氯处理。四、设备选型 设备选型有两个方面的选择一方面是设备型号的确定，另一方面是设备类型的选择。
设备型号（克/小时）=提升泵的排水量（吨/小时）×每吨污水的有效氯投加量（克/小时）。 规模较小的医院（200张病床以下）可选用普通二氧化氯发生器（HP）系列，200张病床以上的医院可选用高效复合二氧化氯发生器（HG），可实现自动化控制。
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